农贸市场升级后，整体环境井然有序，设备落后。但是仍然存在许多问题，如经营者的素质参差不齐、制度不健全、垃圾分类不到位、食品安全问题等。原因不仅与农贸市场的经营能力有关，还与市场管理有关。因此，农贸市场改造完成后，农贸市场的管理水平也要跟上，为老百姓创造公平、公正、安全、卫生的农贸市场，吸引更多的消费者。
运营商培训经营者是农贸市场的重要人物，定期培训经营者，落实经营者文明经营、诚信的核心理念，规范经营者的经营行为。通过开展培训班，培养经营者规范经营的习惯，纠正经营者的服务态度。农贸市场最明智的管理方法是赏罚清晰，让经营者感受到规范经营的好处，最后成为农贸市场规范规章制度的维护者。在农贸市场的管理中，定期对经营者进行培训，不仅可以提高经营者的整体素质，使管理者更容易管理，还可以提高市场整体形象，在消费者中树立良好的声誉，使市场长期稳定发展。
俗话说没有规则，不成方圆，规范农贸市场经营规章制度，使农贸市场管理方法有依据。农贸市场管理体系包括环境卫生管理体系、垃圾分类管理体系、个人卫生管理体系、食品安全管理体系、设施设备维护体系、商品采购管理体系、商品入市检验、抽检登记管理体系等。建立符合市场需求的规章制度是保证市场有序发展的前提。经营者在市场经营期间，应遵守市场规章制度，并每月进行评价，市场管理者对违反规定经营、信赖度差的经营者进行公示，多次不听劝告，情节差的，可以收取一定的处罚金。对诚信经营、遵守规章制度的经营者给予肯定和奖励。合理规范的市场管理制度可以为消费者创造诚实可靠的阳光型农贸市场。
卫生管理腐烂的菜叶、果皮、废纸箱、包装袋是农贸市场每天都会有的垃圾。如果处理不当，必然会影响市场的环境卫生，不能给消费者良好的购物体验。市场上增加了垃圾分类设施，通过全面推进垃圾分类，集中每天的蔬菜叶等易腐垃圾，由专业公司运输到专业处理点进行处理。环境卫生应符合国家要求。地面应保持干燥、干净，场内无异味。不允许乱挂、乱贴、垃圾堆积。卫生实行区域干部，明确干部负责人外卫生实施市容环境卫生责任区制度，设有专职卫生监督员和日常清洁人员。
农贸市场经营品种多，易燃物品多，隐患多；农贸市场人流密集，一旦发生火灾，后果不堪设想；农贸市场用电量大，用气量大，线路安装不规范可能导致火灾。市场上统一配备消防设备，消防设备箱按50-80平方米配置。市场方面定期对经营者进行消防安全训练，进行消防安全宣传，提高经营者的安全意识，防患于未然。市场还应成立专门的消防安全管理团队，完善消防安全体系，提高消防安全管理水平。
食品安全市场始终以食品安全为中心，倡导绿色消费、健康消费、科学消费，诚实守信。关注民生，保障食品安全，真正为当地人民提供一流的服务。进入市场的商品应具有来源证明、质量认证证书或商品检验证书；市场上设有农产品检测室，根据需要检测进入市场的蔬菜水果的农药残留量。当市场上经营的商品出现有毒、有害、过期、变质等质量问题时，应立即关闭并报告食品质量监督部门处理，建立不合格商品的退市机制。
配备统一智能可追溯电子秤，设置可追溯查询机，确保商品质量和渠道正常，绿色健康可追溯；市场质检人员对各种文件进行真实性和有效性验证，存档进出市场的经营者资质证书和商品质量证书，建立可追溯机制；消费者可以使用购物收据上的二维码进行可追溯查询。改造后的农贸市场环境管理也要跟上升级的步伐。管理者应不断完善市场内部管理体系，结合市场实际情况融入现代管理理念，以商户为导向，服务消费者为目标，满足人性化需求，注重体验消费，实现市场管理的标准化和现代化。
