在统一了神圣泰拉之后，帝皇开始了对银河系各个失落的殖民星球的进军，也就是后来所称的大远征，帝皇的大远征意味着人类纷争时代的结束。
随着色孽的诞生和艾达灵族的陨落，在30k的时候，肆虐的亚空间风暴终于开始减弱，统一了地球的人类帝皇，准备带着他的基因强化的基因强化战士和帝国军队，在他的开明统治和帝国真理的指导下，将全人类重新统一起来。帝皇与火星上的机械神教签订了一个被称为 "火星条约 "的协议，帝皇承诺，只要他们帮助他完成他的使命，使整个银河系的人类重新统一，他就会饶了他们的性命（帝皇鄙视他们的肉体机械改造和僵化的宗教信仰，认为这是对他所代表的一切的反面）。帝皇是一个在科学实践和新技术的开发方面有着巨大的才能的人，所以在他身上，许多机器崇拜者看到了他们的信仰所预言的全能者的到来。在他们与帝皇签订的条约中，火星的机械教成员承诺支持建立一个新的人类帝国，在这个帝国中，他们将作为机械教协助帝皇，而帝国的标志也从帝皇在地球上统一战争时使用的闪电，变成了双头鹰，象征着地球和火星的联合。有了火星上的锻造工厂不断产出各类武器，帝皇得以重新整顿军队，更重要的是，他现在可以获得源源不断的泰坦军团，这种巨大的战争机器具有主宰战场的能力。
一开始，帝国向银河系扩张的速度很慢，因为帝国的军队规模还很小，更重要的是，因为混沌的诡计，帝皇失去了他的20位基因原体，帝皇只能退而求其次大量批量制造了基因原体的劣化版本，也就是所谓的星际战士，这些星际战士组建了20个星际战士军团。不过这种战力吃紧的情况不久就开始好转，因为在离泰拉星不远的Cthonia星球上，帝皇第一次与他失踪的基因原体儿子荷鲁斯重逢。自幼被发现后，帝皇就以父亲的身份培养荷鲁斯，并将自己所知道的一切都教给了他。荷鲁斯和帝皇有一种真正独特的父子情谊，他两多次救了对方的命。
30年后，帝皇发现了另一位基因原体罗布特·吉利曼。虽然荷鲁斯为自己的兄弟的回归而感到高兴，但他暗自希望永远都是帝皇最喜欢的儿子。
慢慢的，所有的基因原体都被找到了。军团因基因原体的回归得到了兵员的大量扩充，从他们原体所在的家园世界招募了大量新兵。但是，这种不合适的快速补充使每个星际战士的心理产生了根本性的缺陷，这为后来的叛乱埋下了伏笔。
大远征持续了200个年头，一直持续到31k，许多失落已久的恒星系回归到了新生的人类帝国阵营。在帝皇和他的儿子们的指挥下，帝国卫队和二十个星际战士军团击败了无数外星人、野蛮人类部落、小规模的人类独裁者以及恶魔崇拜者。一旦某个世界平定下来，就会由帝皇选出新的帝国行星总督治理。这个过程包括根除民众的任何迷信或宗教信仰，只尊重理性，有节制地推进科技发展，这种无神论的信仰体系被称为 "帝国真理"。帝国军队中的一支或几支部队会驻扎在这里，完成将该星球并入帝国的任务。就这样随着被征服的世界越来越多，帝皇麾下的战士被分散到银河系各地。
在帝国对乌拉尔世界的征服结束后，帝皇宣称这是帝国迄今为止最伟大的胜利，荷鲁斯应该得到所有的功劳。荷鲁斯被帝皇任命为战帅，代替帝皇负责指挥所有的远征军，他的影月苍狼军团也改名为 "荷鲁斯之子"，帝皇说他将不得不离开远征舰队，回到神圣泰拉，开始下一个秘密的秘密计划，以确保人类对银河系的统治。虽然荷鲁斯并不太理解帝皇为什么这么做，但有了荷鲁斯作为他们的新指挥官，远征军继续向外扩张，重新发现失落的人类世界，并将他们纳入开明的帝国的阵营。这种情况一直持续到可怕的荷鲁斯异端爆发。
