南明政权灭亡后不久，顺治帝驾崩，他的儿子康熙帝即位。康熙帝是一位杰出的君主，八岁即位，十四岁开始亲政。尽管南明已被消灭，但南方的三个汉人藩王仍令康熙寝食难安。这三个人原本是投降清朝的明军将领，分别是吴三桂、尚可喜和耿仲明。由于他们在消灭南明和镇压农民军方面的杰出表现，清朝授予他们平西王、平南王和靖南王的称号，分别镇守云南、广东和福建。吴三桂的势力最为强大，他不仅掌握了地方兵权，还拥有自主任免官员和掌控财政的能力，俨然是割据一方的诸侯。康熙一直致力于集中权力，因此他一直在谋划撤藩的计划。在这个时候，平南王尚可喜因年迈而请求回到辽东老家，康熙同意了他的请求，但并未让他的儿子继承王位。这一举动让吴三桂和耿精忠感到不安，为了试探朝廷的真实态度，他们也假惺惺地向康熙上了奏章，请求撤掉藩王爵位。这些奏章送到朝廷后，康熙立刻召集大臣们商议。有人认为这些奏折只是吴三桂和耿精忠的试探，如果真的撤藩，他们一定会起兵造反。康熙认为吴三桂野心勃勃，早晚都会反，不如先发制人，因此他坚决撤藩。吴三桂和耿精忠的计划落空了，他们得知撤藩的诏书后非常震惊。公元1673年11月，吴三桂打着“反清复明”的旗号起兵，耿精忠和尚之信也纷纷响应，史称“三藩之乱”。当时，整个南方都被叛军占领了。康熙并没有被叛乱吓倒，他调兵遣将，集中兵力讨伐吴三桂，同时暂时停止撤销尚之信和耿精忠的藩王称号，稳定了南方的局势。尚之信和耿精忠看到吴三桂的形势不妙，再次背叛了他，吴三桂逐渐陷入孤立无援的境地。吴三桂在衡阳称帝，国号为“大周”，但很快就病倒了，他的孙子吴世璠继承了王位，退居昆明。公元1678年，清军分三路进攻昆明，吴世璠自*，叛乱被清军平定。在康熙的英明决策下，叛乱势力最终被消灭，南方的政局逐渐稳定下来。
