在《新世纪福音战士》的故事，有一个充满宗教和末世意味的庞杂背景。总导演庵野秀明，利用断断续续而又不完全言明的表达手法，给了这部动画更多的想象空间，当然也使得故事剧情更显晦涩。
通过将整部动画中那些断续的片段相互衔接起来，我们可以看到一个相对完整的内容设定。
eva中的各种支线和要素
在世界伊始，“生命之树”诞生了生命的祖先亚当（Adam）和莉莉丝（Lilith）。
亚当（被人类称为第一“使徒”，），在46亿年前的远古时期撞击在地球南极地区，并通过分裂繁衍出第三至第十六位巨型“使徒”，后分别休眠在各处。
使徒
莉莉丝（被人类称为第二“使徒”）则在40亿年前撞击在地球日本地区。这次撞击改变了远古地球的气候和生态，并且由莉莉丝的体液繁衍出了包括人类在内的现有地球生命，被后世的人类称为“第一次冲击”。
莉莉丝
换句话说就是，故事中的那些“使徒”是亚当的一部分，而人类则是莉莉丝的一部分。
对于“使徒”来说，待时机成熟就会重新回归到亚当的身体之中，重启生命之树，以开始下一个生命的轮回为目标。
但是“使徒”的回归和重启，会产生毁灭性的巨大能量，所有的生命也将归于原点。
生命之树
而这一切被以预言的形式记载进了《死海古卷》之中。
获得《死海古卷》的人类得知了事情的真相。为了阻止被毁灭，人类方面开始想方设法阻止“使徒”的回归。
eva剧场版中出现的部分死海古卷
与此同时，人类又在南极地区和日本地区的地表下，发现了当初亚当和莉莉丝坠落撞击形成的空洞。空洞中，分别沉睡着亚当与莉莉丝。
为了阻止“使徒”回归亚当，人类打算以自己所掌握的技术，率先对亚当进行研究和控制。但是在研究实验的过程中，却意外导致亚当觉醒了，并释放出了超预期的巨大能量冲击。
亚当的光之巨人形态
这次冲击引发了南极地区爆炸、地球海平面上升、全球气候变化、地轴偏转等灾难效应，被人类称作“第二次冲击”。
第二次冲击
而亚当也在释放完巨大的能量后，失去了“光之巨人”的外形，其肉体还原成了手掌大小的胚胎并被封印在了树脂中，最后落入了碇源堂的手中。
亚当胚胎
联合国对外隐瞒了“第二次冲击”事件的真相。他们向外界发表公告称，造成灾难的原因是由于有大质量的陨石撞击南极大陆所致，其破坏性与40亿年前撞击地球的小行星相当。
但即便掩盖了事情全貌，“第二次冲击”依然留下了很多碎片化的线索。比如，冲击中心呈现的“光之巨人”影像、巨大的光之翼等等，都成了令人怀疑的部分。
随着故事的发展，作为“第二次冲击”中的幸存者葛城美里，也一点一点揭开了事情的真相。而故事中的各方势力为了达成自己的目的，开始借用这个舞台进行着自己的谋划。
就这样，一个多方交织的故事即将展现在所有人面前。
在了解了关于“第二次冲击”的背景后，接下来我们将要介绍的就是在这次冲击中诞生的第十七使徒——“自由天使”。
第十七使徒“自由天使”（ Tabris/塔布里斯）第十七使徒“自由天使”，是故事中登场的最后一位亚当系使徒。其名字来源是犹太教传说中司自由意志的天使“Tabris”。
“自由天使”的人类名字叫作渚薰，是一个头发银灰和瞳孔红色的少年，他也是EVA驾驶员的第五适任者。
结合动画与漫画的描述，渚薰诞生在上述“第二次冲击”发生的同一日，是亚当在南极诞生的最后一位使徒。
在“第二次冲击”发生前夕，人类原打算把亚当还原成胚胎的状态，以避免其日后与使徒的接触。
而且从南极调查队遗留的资料和视频中显示，在还原过程中有使用注入人类的遗传基因，并和亚当产生了物理上的融合。
漫画中的描述
在这个过程中，亚当根据注入其身的人类遗传基因，而衍生出了拥有人类外形的第十七使徒“自由天使”。
待“第二次冲击”结束后 ，亚当的肉体被还原成了胚胎状。而亚当的灵魂，最终也被SEELE组织寻得，后被融入“自由天使”的躯体之中。
动画中的描述
渚薰衍生于亚当
所以身为“自由天使”的渚薰，他既是使徒，也是亚当的灵魂容器，还是听命于SEELE组织的重要工具。
此外，渚薰本身还拥有释放超强的“A.T力场”、自由操控EVA同步率、悬浮移动等超级能力表现。
渚薰与SEELE
渚薰初次登场时，是在一抹夕阳下。当时的他哼着欢乐颂的曲子，与真嗣在废墟中相望。
两人的相识与情感，也从此刻开始出现交集。
渚薰是以第五适格者的身份，被SEELE组织送到EVA的管理机构NERV，以代替明日香驾驶EVA二号机的。
在EVA同步率测试中，渚薰的能力开始显现，他可以在不换核心的情况下与二号机保持超高同步率。这样的同步数据，就连测试人员都觉得无法解释。
同步率测试
当渚薰在NERV总部遇到绫波丽时，他立刻察觉到了绫波丽身为莉莉丝灵魂容器的的特殊性。
他和绫波丽一样拥有红色的瞳孔，体内也都寄宿着最高级使徒的灵魂，彼此还都把身体进化到了和人类同样的外形。
与绫波丽的对话
而渚薰与真嗣之间也成了超越好朋友的关系，他们一起洗澡，一起睡觉，一起谈心。真嗣那颗像玻璃一样纤细的人类的心，深深地吸引了渚薰。
渚薰喜欢上了真嗣。他不仅在真嗣身上看到了一种与自己类似的敏感、孤独与挣扎，又在真嗣身上看到了人类对于未来的多种可能。这种可能性，对于被身为使徒命运所束缚并且无法改变的渚薰来说，是极其宝贵的。
而且拥有亚当灵魂的渚薰，在触摸真嗣那颗柔软的人心的时候，也有可能会出现一丝怜悯。
不管何种原因，渚薰慢慢地发现自己并不是那么想回归亚当引发冲击毁灭人类了。
正当渚薰犹豫迟疑之时，SEELE组织再次给渚薰下达了尽快入侵NERV总部的任务。
这次SEELE和渚薰的对谈中，还再次提及了上文所述的多条重要信息：
1、NERV司令碇源堂企图秘密获得与神同等的力量。
2、渚薰体内寄宿的确实是亚当的灵魂。
3.人类的始祖，源自莉莉丝。
接到命令的渚薰回到了NERV总部，他操控二号机向着地下最深处的亚当（其实是莉莉丝）所在之处——中央教条区进发。
渚薰之所以选择操控二号机，是因为二号机的驾驶员明日香受到精神创伤，随之二号机的灵魂自我封闭了。而且二号机本体是复制于亚当的，对于具有同样属性的亚当系使徒渚薰来说，他可以轻松同化这台EVA。
操控二号机
渚薰带着二号机沿着垂直甬道向中央教条区靠近。NERV方面则派出了目前唯一可以使用的初号机进行阻击。
真嗣驾驶着初号机赶来，而此时的渚薰在缓缓地等候着他的到来。
当真嗣得知渚薰是使徒之后，真嗣感受到了背叛与欺骗。
随即，愤怒的真嗣驾驶着初号机与渚薰所控制的二号机之间，发生了真正的较量。
在双方交战过程中，渚薰还展现出了强大的“A.T力场”。从其口中可知，“A.T力场”其实又称为“心之壁”。
人类就是因为具有“心之壁”，才能维持个体的形态。同时，“心之壁”也导致人类之间互相有着无法消除的隔阂与矛盾。
心之壁
当两台EVA距离中央教条区只有20公尺时，身为NERV作战指挥负责人的葛城美里，制定了最后的作战计划：倘若初号机的活动信号消失，就立即启动基地自爆，避免因渚薰接触亚当（其实是莉莉丝）而引发的“第三次冲击”。
毕竟，使徒回归亚当所造成的“第三次冲击”，其能量足够毁灭所有生命。
不过此时渚薰却释放了极为强大的“A.T力场”。其强大程度可以截断一切光波、电磁波和粒子射线，简直就是一个绝对纯净的“结界”。
这使得葛城美里等人无法检测到初号机的活动信号，也无法及时探知地底的真实情况。
终于，渚薰敲开了“天国之门”，来到了沉睡在地底的白色巨人面前。
面对这戴着面具的白色巨人，渚薰一直将他当做亚当。而作为使徒，回归亚当重启万物，便是他注定的使命。
不过当渚薰靠近后，他很快就发现了眼前这具白色巨人的真正身份。原来，这根本不是亚当，而是莉莉丝。
“原来是这样啊”，渚薰不得不感叹人类（lilin）的狡诈。人类骗过了所有使徒。
就在此时，中央教条区又出现了另外一个同等强度的未知“A.T力场”。
这个未知“A.T力场”，其实是莉莉丝灵魂的宿主绫波丽所释放的。她悄悄潜入了中央教条区，亲眼目睹着这一切的发生。
而此时真嗣也摆脱了二号机的纠缠，驾驶着初号机来到了渚薰的面前。
看到渚薰后，初号机一把抓住了他。为了避免出现“第三次冲击”，真嗣也必须阻止他。
渚薰望向真嗣露出微笑，他对真嗣的及时到来表示感谢。因为他一直希望真嗣能够阻止自己作为使徒的使命。
身为使徒的渚薰，其使命就是回归亚当并重启万物，但显然他已经不想这么做了。
于是他决定反抗自己既定的命运，选择死亡。因为死亡对他来说，才是唯一且绝对的自由。
如果他活着，那么他的既定命运就是必须回归亚当，所以选择死亡才是他挣脱宿命的唯一手段。更何况他对真嗣产生了重要的感情，他也不想就此毁灭人类。
最终，在长时间的内心挣扎与定格之后，真嗣动手了。
渚薰也如愿死在了真嗣的手上，他的死亡也代表了使徒已成落败的定局。
至此，从亚当中衍生而出的所有使徒全部下线了。
关于SEELE组织派出渚薰的真正原因SEELE这个组织的最终目标，就是完成“人类补完计划”，令所有人类回归到莉莉丝，成为完整统一的整体。
不过，这个计划需要很多准备工作，比如消灭所有使徒、复制朗基努斯之枪、制造量产的EVA机等等。
但是在推进计划的过程中，原本身为SEELE下属执行机构的NERV，其司令碇源堂却妄图僭越使自己获得神的力量。
这种情况是SEELE组织绝对不允许的，于是他们打算赶在碇源堂行动之前完成自己的“人类补完计划”。在这个时候，SEELE组织派出了渚薰去入侵NERV总部。
而对于SEELE组织派遣渚薰来到NERV总部一事，其实在动画中碇源堂已经道出了真相：“老人们（SEELE）打算借我们之手，将预定计划提前一步！”
碇源堂的这句话可以清晰的告诉我们，SEELE组织只是打算借用NERV来消灭渚薰这最后一个使徒，并且将“人类补完计划”时间提前。
此处可以推断，SEELE组织的“人类补完计划”此时已经准备的差不多了，而如今派出渚薰攻击NERV总部可以达到三个目的：
1、借刀*人。借用NERV消灭最后一个使徒，这也是“人类补完计划”的一项先决条件。
2、令渚薰和NERV发生战斗，消耗NERV的实力，便于后续迅速攻占、接收NERV的控制权。
3、尽量赶在碇源堂之前，完成“人类补完计划”。
所以我们在后续的剧场版故事中，可以看到SEELE组织利用军队攻击NERV总部、执行补完仪式等最终情节。
军队攻占NERV
关于SEELE组织是否知道中央教条区沉睡的是“莉莉丝”使徒与亚当接触，是会造成“第三次冲击”毁灭现有生命的。这样一来，对于SEELE组织来说就无法完成真正意义上的“人类补完计划”。
倘若SEELE组织也认为中央教条区沉睡的是亚当，那么SEELE组织为什么还要冒险派出身为使徒的渚薰去入侵NERV呢？他们就不怕发生“第三次冲击”吗？
所以答案就是：SEELE组织作为碇源堂的上级，其实知道中央教条区沉睡的并不是亚当，而是莉莉丝。
所以SEELE组织才这么放心大胆的派出渚薰，因为他们知道即便渚薰入侵到中央教条区，也是无法引发“第三次冲击”的。
而且他们也不想借用使徒的力量去引发“第三次冲击”，而是希望利用初号机将“人类补完计划”执行到底。（因为初号机体内有灵魂，还通过吃“力天使”获得了S2机关，是一个相对完整的莉莉丝复制品。）
再结合前文所述，SEELE组织派遣渚薰来到NERV总部的目的是为了“借刀*人”这一点，更令人确定他们并不打算引发“第三次冲击”。
由莉莉丝诞生的第十八使徒由亚当诞生的最后一位使徒“自由天使”渚薰被消灭后，NERV总部突然遭到了战略自卫队的袭击。
原来是SEELE组织假称NERV妄图引发“第三次冲击”，并以“保护全人类”的名义，利用战略自卫队对NERV进行肃清和接管。
以NERV为代表的人类战胜了所有的使徒，但最后面对的敌人却是自己的同类，这是如何的讽刺。而人类（lilin），其实就是由莉莉丝诞生的第十八使徒。
随着军队的攻入，原本在动画主要剧情中所出现的老面孔，都一一倒下了。
SEELE组织利用军队强行接管NERV的一个重要目标，其实就是控制EVA。
他们打算利用初号机实施赎罪仪式完成“人类补完计划”，同时也是为了防止NERV司令碇源堂继续实施自己的阴谋。
在故事的最后，SEELE组织利用量产EVA和初号机实行了赎罪仪式，同时绫波丽也觉醒了自我意识。绫波丽拒绝了碇源堂的禁忌融合，带着莉莉丝的灵魂回归了莉莉丝的本体中，并且将人类的去向选择交给真嗣来决定。
而真嗣也明白了现实的世界虽然痛苦但却更加真实，于是他决定不在逃避、面对现实，重新给自己和这个世界一个机会。
此处具体内容不在展开，至于TV版和剧场版关于结局的描述，我们之后再作详细的介绍。（毕竟本系列的主要介绍对象是使徒）
最后《新世纪福音战士》的故事中充满了对“我”的本质探寻，这种探寻对于不同的人来说有不同的思考。
每个人都是社会关系中的一部分，与世隔绝的、没有残缺的环境是不存在的。或许我们可以面对自己的本真，勇敢面对现实。
用真嗣的那句话来说：“我，就是那个唯一的我”。
如果有朋友持不同的看法，也欢迎大家从故事本身中找出论据进行探讨。那么，我们下期再见！
《新世纪福音战士》使徒系列——完。
