时至今日，宝可梦系列动画已经出现了不少的反派组织。通常他们为了达到目的不择手段，破坏了宝可梦世界的秩序与和平。
火箭队队长：坂木老大
老牌犯罪组织，队标是一个红色字母“R”,小智一行人的死对头。在宝可梦世界的各个地区都有火箭队成员驻守，其中以武藏、小次郎、喵喵组成的三人组最为大家熟知（打了一辈子酱油）。表面上是一家大型上市公司，有着相当雄厚的财富。制造出大量的高科技装备和武器，目的是用来捕捉强大或稀有的宝可梦，从而利用它们来统治世界。
队长：赤焰松
陆地犯罪组织，队标是火山形状，海洋队的死对头。主要活动于丰缘地区。主张人类至上主义，认为宝可梦与人类共存会阻碍他们的发展。对超古代宝可梦固拉多有着很强的执念，目的是利用其扩大陆地面积，增加人类的生存领域。最后固拉多与盖欧卡的对决引发了巨大的生态灾难，熔岩队随之分崩离析。
队长：水梧桐
海洋犯罪组织，队标是类似于海贼的骷髅形状。与熔岩队一同登场于丰缘地区。主张保护宝可梦的繁衍栖息，认为自私的人类霸占了太多的陆地。海洋作为所有生命的起源，应该扩大海洋的面积，再次建立宝可梦的美好家园。由于与熔岩队的意见不合，遂利用靛蓝色宝珠召唤出超古代宝可梦盖欧卡。造成丰缘地区一片混乱，海洋队在这场混乱中也下落不明。
队长：赤日
十分神秘的犯罪组织，队标是一个金色字母“G”。登场于神奥地区，主张推翻现存的宝可梦世界，创造出一个属于自己的新的世界（话说，这不就是梦没睡醒么）。为了创造出新的空间领域和时间线，老大赤日来到天冠山的枪之柱（阿尔宙斯创造帝牙卢卡、帕路奇亚的圣地）召唤出时间之神帝牙卢卡和空间之神帕路奇亚。最后的结果毫无疑问是失败了，赤日也失去踪影。
队长：魁奇思
同火箭队一样是非常强大的犯罪组织，队标是一种类似凯乐符号（☧）的宗教符号。登场于合众地区，发扬宝可梦唯我主义，意思是将宝可梦与训练家分离开来，让其回归自然。并且到处进行传教，表面上是为了宝可梦着想，实质上是为了将宝可梦的力量为自己所用，达到统治人类的目的。曾利用光明石召唤出传说的龙宝可梦莱希拉姆，并用阿克罗玛的机器控制了它。
队长：弗拉达利
庞大的邪恶组织，队标是一团火苗的形状。登场于卡洛斯地区，弗拉达利想要减少宝可梦的数量，为世界减轻压力，从而创造一个更完美的世界。所以他在卡洛斯安*大量用来获取情报的眼线，包括卡洛斯地区高层。得知了传说宝可梦哲尔尼亚斯和伊裴尔塔尔的能量可以启动武器，最后自食恶果被武器发射的能量射中。
队长：古兹马
专找麻烦的流氓组织，队标是骷髅头的形状。登场于阿罗拉地区。如果说别的反派都有自己的理想或愿望，那么骷髅队就是一群混混聚在一起捣乱。队长古兹马看不惯阿罗拉的传统，宝可梦的Z招式和Z手环在他眼里就是多余，宝可梦联盟更是没必要的存在。所以他带领着骷髅队四处搞破坏，抢夺他人宝可梦、在对战地方闹事等等。
队长：聂梓
朋克风的麻烦集团，队标是钉子组成字母“y”形状。成员由尖钉镇的训练家和居民组成。这里涉及一段兄妹情，呐喊队队长聂梓身为尖钉镇的道馆馆主，想要把馆主的位置传给妹妹玛俐。玛俐可爱的外表加上冷静成熟的作战方式吸引了一大批粉丝，多是尖钉镇的人们。这群人为了让玛俐当上联盟冠军，自愿组成呐喊队阻挠道馆挑战者。后来，玛俐也顺利接任了道馆馆主的位置。
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