瑷珲城为黑龙江最北边门户，清时在该城设有副都统，督军戍边。据记载，瑷珲城北数十里处有个叫黑河屯（今黑河市）的小圩镇，隔江对峙的海兰泡，原为中国属地，为沙俄军队侵占后改名布拉戈维申斯克，成为其殖民点和继续向南扩张的战略要地。
清光绪二十六年（1900，庚子年 ）六月，俄军作为八国联军的一支参与了进攻天津、北京之役，攻入北京后，沙俄军队是八国联军中军纪最败坏、最穷凶极恶者，烧*奸淫掳掠，无恶不作，见啥抢啥，据说连宫内造办处用以铸钱的钱范（熔铸铜钱的模具）都抢走了。其贪婪无耻， 就连八国联军两任司令西摩尔（英籍）、瓦德西（德籍）将军都看不惯并嗤之以鼻。
就在沙俄出兵参与进攻津、京与义和团、清军鏖战的同时，又暗中策划单独出兵侵占中国的东三省（黑、吉、辽），沙俄军预备兵分三路，从三个方向发起对中国黑龙江省的进攻。
1900年7月8日，沙俄军队以保护中东铁路为名，强令清黑龙江将军寿山勒兵后撤，让俄军借道瑷珲、齐齐哈尔前往护路，企图不战而窃夺黑龙江全域，被寿山将军所拒绝。
俄军将领恼羞成怒，于7月14日命俄炮舰在黑龙江江面向黑河屯清军阵地发炮挑衅，清军不甘示弱，奋起还击，架炮向俄舰轰击，击伤俄舰一艘，俄军死伤30多人，其边界长官根纳季·阔利斯达夫被炸伤，俄军用拖船拉着战损炮艇狼狈败回海兰泡。
15日清晨，海兰泡（今布拉戈维申斯克）沙俄军发炮轰击对岸的清军黑河屯阵地，清军还击，双方隔江炮击3个多小时，互有伤亡，随后数千俄军步兵进攻清军卡伦山阵地，被清军击退。俄军扔下十几具被清军击毙的僵尸，狼狈退回海兰泡军营。
海兰泡、江东六十四屯大屠*：俄军两次主动挑衅均告失败，为报复制造了海兰泡和江东六十四屯的大屠*。7月15日，从卡伦山败退回海兰泡的俄军突然封锁黑龙江江面，严禁所有船只通行，违者一律击沉 。
17日，俄军强令当地中国居民和商贾数千人聚集江边。忽然，一群凶神恶煞、手持刀斧的俄军士兵冲出来，不分青红皂白砍*手无寸铁的中国商民，中国人如*猪宰羊般被屠*，血流成河，哀嚎声隔江都能听见，除当场被*死者外，受伤未死或伤轻的都被俄军强行驱赶入水流湍急的黑龙江中溺死，仅有数十人侥幸游到对岸瑷珲被清军救起。这场大屠*连续进行了好几日，中国商民被*5000余人，黑龙江上浮尸如麻，水带腥味，造成人神共愤、举世谴责的海兰泡大惨案。
1900年7月17日俄军制造了海兰泡惨案后，与海兰泡比邻的（黑龙江以东）六十四屯满、汉、鄂伦春、达斡尔等族居民闻讯大为恐慌，纷纷扶老携幼逃离家园， 逃到江边向对岸号泣呼救，哭声震天。清瑷珲副都统凤翔部为了接彼岸屯民过江，派部将率军轻舟渡江，奋勇击退俄军，旋即出动水师舰船和商船、渔船，“昼夜接渡” ，使六十四屯屯民5000余人在俄军主力大举袭来之前幸运地过江到瑷珲。
此后，恼羞成怒的沙俄军队在博多屯到精奇里江（黑龙江支流）口一线屠*了1000多中国村（屯）民，64座村屯房舍被焚毁殆尽，旋即又到处搜*中国人，据事后统计共有两千多中国人被害。沙俄从此将中国的江东六十四屯（今俄罗斯阿穆尔州属地，相当于中国一个县的面积）据为己有并长期霸占。
血战瑷珲：俄军制造了两起惨绝人寰的大惨案后，又于8月2日在黑河屯旁五道河偷渡登陆，突袭清军阵地，清军抵抗一阵后，因寡不敌众，从黑河屯军堡退至卡伦山阵地，继续与入侵俄军周旋、抗击。据记载，两军激战中，部分俄军已经突至卡伦山清军战壕前，一清军炮手见情况危急，毅然点燃火药，与一冲入阵地的俄军中尉同归于尽。清军浴血奋战，终于击退了俄军第一波进攻。
4日，俄军主力一万多人乘船强渡黑龙江，从水路、陆路三个方向围攻瑷珲城 ，瑷珲清朝守军三千将士，浴血抗击长达6、7个小时，在俄军优势兵力、步炮配合的猛攻下伤亡惨重，战至午后一点守军残部才弃城退向瑷珲南郊继续阻抗。
俄军得城后继续追击，与在南郊的清瑷珲守军余部激战，清军又战死300多人，佐领崇玉受伤被俘，俄军竟然对他处以脔割（即凌迟，千刀万剐） 酷刑，崇玉是条硬汉，他强忍剧痛，怒骂“罗刹鬼”，咽气前犹骂声不绝。
瑷珲城内，未来得及突围的零星清军仍与俄军巷战，最终全部战死。有参战俄军事后回忆说：“中国人死守炮架，直至阵亡”。有二百多年历史的瑷珲古城（今黑河市瑷珲镇），被沙俄军队纵火焚烧，最终灰飞烟灭，成为一片焦土。
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