故事开头，我梦头戴一个神秘器械进入了粒子加速领域，崎岖的大地流淌着岩浆，远处是密布的黑云，完全看不到天空。
在这里，我梦看到了一个散发着红色光芒的巨人，正在与一个长条形怪兽作战，几个回合之后，巨人从头部发出了光线消灭了怪兽。
我梦喊出了“奥特曼？”，奥特曼仿佛也注意到了我梦。这时几声急促的呼喊，让我梦从这个神秘空间醒来，但眼前的红色的光之巨人的身影，深深地刻进了脑海里。
 原来我梦在一个大学实验室里，正在做自己的实验，从他和好朋友的谈话也可以得知，我梦量子物理学博士，也是“炼金之星”的成员，而“炼金之星”是负责预知灾难的发生的一个科学团队。
我梦的研究是通过量子加速来见到地球的情绪之类的物体，虽然一直失败，但是我梦并没有放弃。
正在我梦和朋友们在外面聊天时，某个神秘机构观测到地球外突然出现了空间扭曲，一个质量巨大的物体穿过虫洞而来。我梦察觉到了异样，抬起了头，群众们也发现了这个异常现象。
一个蓝色的锥形物体在地面上空100米处静止，随着时间的推移，观看的人越来越多，直升机与战斗机陆续驶来观测。
新闻播报目前还不知道是什么情况，相关人员已经开始组织避难。第一时间观测到现象的机构得到了防卫军的消息，穿越过来的物体内部有震动现象。
其实防卫军经过“炼金之星”的情报早就知道了这次大灾难的到来，也都早有所准备。
不久后，空中的蓝色锥体发出闪光，一道光毁了将近半个城市。蓝色的锥体破开，里面出来了一只怪兽戈布开始大肆破坏。
防卫军也派出最顶尖的闪电队驾驶最新型的反重力战斗机进行作战。不过因为驾驶员的失误，我梦制作的战斗机并没有发出多大的实力，闪电队也无法阻止怪兽的攻击。
我梦深思，难道我们之前做的一切准备都没有用吗？群众在慌忙地逃窜，戈布仍在毫无阻碍地肆意破坏，我梦在绝望和迷茫中呐喊，之后时间既然静止了。
我梦穿越一个时空通道又一次遇到了红色巨人，我梦祈求奥特曼赐予他力量去拯救地球。而红色巨人伸出双手和我梦进行了合体，大地上，红色巨人在光芒中出现了并且打败了怪兽。
就这样，盖亚奥特曼出现，盖亚奥特曼是平成奥特曼中的集大成者。盖亚的名字取自希腊神话中的大地之母，剧中象征着大地之光，也是地球意识的体现。
与其他奥特曼不同，盖亚没有三分钟的时间限制，毕竟地球是他的家。而迪迦呢，在官方给的设定中，迪迦是来自猎户座的光，虽然在地球上待了三千万年，但毕竟不是家乡，水土不服也是在所难免。
盖亚是第一位能通过能力增强来升级的奥特曼，在剧中分别有V1、V2、SV的形态。
迪迦和戴拿更重于人类的部分，迪迦中的敌人是三千万年前的人类无法跨过的坎——人性；戴拿中飞鸟的热血勇敢象征着人类面对未知的恐惧勇于开拓的勇气。盖亚则体现了人类与地球共存的理念。
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