正确的采摘方法是，一只手插入蘑菇下面，按住培养料，另一手掰下来就行了，如果用刀割，会影响下茬出菇，留下的蘑菇根也容易造成污染。
带柄菇类(香菇、蘑菇、草菇等)采收，但必须按采大留小。摘菇时大拇指和食指捏紧菇柄的基部，先左右旋转，然后再轻轻向上拔起，千万不要碰伤周围菇蕾，不让菇脚残留在菌筒上霉烂，影响以后出菇。如果成菇生长较密，基部较深，要用小尖刀从菇脚基部挖起。采摘时防止损伤菌床或菌筒表面的菌膜。对胶质体的菌类如银耳、黑木耳以及丛生状的平菇、金针菇等，采收时利用刀从基部整朵割下，注意保持朵形
晴天采收有利于加工，阴雨天一般不要采，原因是水量高，难以干燥，影响品质，若不采就要老化腐烂时，这时候也要采收，但要抓紧加工。对银耳、黑木耳之类，阴天应停止喷水，加强通风，让耳片收平，等好天再采收，这样利于干制。
采完的鲜菇，要用小萝筐或小篮子装，并要小心轻放，保持实体完整，防止互相压挤损环，不能影响品质。采下的鲜菇要按菇体大小、朵形好坏进行分开，不能混在一起，然后另装盛器内，以便分等加工。
