《黑衣人3》主要讲述为了拯救搭档K的性命以及危在旦夕的地球，J探员不得不穿越时空，回到1969年与年轻的K合作，而在此过程中，他还发现了K从未告诉过他的惊天秘密。
本部的大反派鲍里斯是臭名昭著的罪犯，差点在40年前把地球给毁灭了
当时K抓住他后，把他扔进了月球监狱，一直关押到现在
有天鲍里斯的辣妹手下趁着探视，把一只虫子带进了监狱
虫子*掉了守卫，解开了鲍里斯的束缚，然后钻回了他的身体，看来这只虫子也是鲍里斯的一部分
接着鲍里斯和辣妹端起武器，消灭了一路上的守卫
但守卫越来越多，包围了他们，于是鲍里斯击穿围墙，让所有守卫都被吸入太空，辣妹也和守卫一起死掉了
不过鲍里斯毫不在乎，只计划着穿越到过去打败K
与此同时J和K正执行着日常任务，他们发现一个餐馆兜售珍贵的外星鱼，就拿起外星鱼教训了老板一顿
老板不服找人报仇，两人就把打手也教训了一顿
这时鲍里斯刚好从月球飞回来，想向K报仇，好在J及时赶到，两人才躲过了追*
第二天一早J再次去K家里找他，但是让他吃惊的是，里面住的竟然是另一家人，那家人也根本不认识K
J感到非常意外，喝下一杯巧克力奶压了压惊
回到总部之后，J挨个向同事打听K的下落，但所有人都表示没听说过K是谁
只有J的上司知道K存在过，但她却说K在40年前就被鲍里斯*了
J听到后非常震惊，又喝了一杯巧克力奶压惊
上司看到后，说爱喝巧克力奶是时空穿越的后遗症，J一定是受到了时空穿越的影响
这时候警报突然响起，系统侦测带鲍里斯正带着族人大举侵略地球
在之前的时空里这不算什么，因为K早就部下了防御网装置，可以挡住鲍里斯
但这个时空里K死的太早，没能布置防御网，导致鲍里斯的族人势不可挡
J此时终于明白，想拯救世界必须回到过去，让K活下来，J想穿越回K被*害的前一天，先下手除掉鲍里斯
就从一个技术宅手里取得了穿越装置
这个穿越装置有一点特别，必须从高楼跳下去才能启动
J胆战心惊地跳了下去，终于成功穿越到了1969年，K被害的前一天
J根据历史知道鲍里斯会*死一个路人，就在那个路人旁边守株待兔
就在他准备*死鲍里斯的时候，年轻的K登场了，重逢后J非常兴奋，但K并不认识他，把他抓了起来
后来审讯的时候，J觉得不能暴露自己来自未来，就对K谎话连篇
K认为J行迹可疑又知道的太多，便把他装进了老版的记忆消除装置，想抹除记忆
J终于慌了，大喊出自己此行的目的，获得了K的信任
两人知道对未来至关重要的防御网装置，是一个先知外星人给他的，就找到了他
当时先知正在球场里观看一场发生在未来的球赛，便招呼两人一起来看
就在他们一起看球的时候，鲍里斯骑车掳走了先知，还把K的车砸坏了
幸亏K还有备用的独轮摩托车，他和J一路飙车之后，救回了先知
先知把防御网装置交给了他们，他说这个装置只要升到太空，就能急剧扩张罩住地球
当时正好是阿姆斯特朗登月前夕，他们于是打算把防御装置装在飞船上
这一晚，未来的鲍里斯和年轻的鲍里斯会和在了一起，准备破坏防御网装置
第二天J等人赶到火箭发射场，提出要改装火箭
安保军官当然不同意，于是先知把未来的景象展现给了他，军官看后终于相信了，同意全力协助他们
就在J和K爬上发射架的同时，两个鲍里斯也*了过来，四个人分成了两对互相厮*
J被老鲍里斯的几发尖刺击中，伤痕累累
但他记住尖刺的位置，然后穿越回几秒钟前，灵巧的躲过了尖刺
老鲍里斯正在震惊时，就被J一把推到发射架底下，被火箭的尾焰烧死了
而K那边也打败了年轻的鲍里斯，把防御网装置安在了飞船上面
最后飞船成功升空，防御网也罩住了地球
但年轻的鲍里斯仍然活着，他突然开出一枪，军官牺牲自己保护了K
让他*死了年轻的鲍里斯，事后K看着军官的尸体伤感不已
这时候军官的儿子刚好来找爸爸，K不忍心伤男孩的心，用记忆消除装置从他脑海里抹除了爸爸被*的记忆
这时候J突然发现，男孩手里握着的就是自己祖传的怀表
原来这个男孩就是儿时的J，怪不得K总对他那么好
最后J回到了一切安好的现代，感谢了K对儿时自己的关怀，最后两人再次回到了调皮又温馨的拌嘴日常，影片到这里就结束了！
最后，以上内容纯属个人想法和网上资料所得，喜欢的话别忘记关注订阅！
